După 1564, capitala Moldovei a fost stabilită la Iaşi. Odată cu stabilirea capitalei Moldovei la Iaşi, a fost necesară constituirea şi dezvoltarea curţii domneşti, pe amplasamentul actual al Palatului Culturii.

          Din unele însemnări ale cronicarilor, sau de la călătorii străini ai veacului al XVI-lea, putem afla că "denumirea de curte domnească se dădea unui întreg complex de clădiri, locul prim fiind deţinut de cea care adăpostea divanul mare sau spătăria, unde se ţineau diferitele întruniri şi recepţii şi unde se afla şi tronul.
           Alături de ea, erau mai multe încăperi, atât la parter cât şi la etaj. Locuinţa particulară a domnului se afla imediat în spatele primei clădiri şi purta denumirea de - casa din lăuntru- . în restul incintei, despărţite prin îngrădituri şi grădini, se ridicau alte construcţii, ca locuinţa doamnei (casa despre doamnă), baia, cuhnea, cazărmi, chioşcuri, grajduri, pulberăria, care de mai multe ori a sărit în aer - jitniţa, biserica de pe poartă şi închisoarea".
          Iată aşadar că o primă vorbire despre închisoarea din Iaşi se face după stabilirea în acest oraş a capitalei Moldovei, respectiv la 1564.
          Cu trecerea timpului, construcţiile din compunerea curţii domneşti, au suferit modificări la originea cărora au fost invaziile tătare, cazace şi polone, precum şi ale războiului ruso-turc, la începutul secolului XIX.
          Cu ocazia reconstruirii curţii domneşti din anii 1803 - 1806 s-au operat şi unele schimbări. Zidul înconjurător a fost menţinut şi turnurile reânoite. A fost îndepărtat paraclisul din faţa Uliţei Mari (Bd. Ştefan cel Mare), în locul căruia a fost construită o poartă. A dispărut acum şi temniţa de lângă poartă, menţionată şi în documentele din 1717.2
          Ulterior, în anul 1838, au început furturile de pe moşiile boiereşti, din cauza sărăciei ţăranilor clăcaşi şi în rândul armatei (dezertările), astfel încât

1  Note- F.I. Sulzer,VienaI1781,p.385

2 N. lorga- Stampe şi documente, VII, p.375.

          Se hotărăşte înfiinţarea unei închisori la Poarta Verde, intrarea în oraşul Iaşi, strada Păcurari nr.9, clădire în care este astăzi Policlinica studenţească.
          In acelaşi timp, în casele egumeneşti din curtea Mănăstirii Frumoasa, a luat fiinţă o închisoare militară ce aparţinea Corpului IV - armată.
          O mare perioadă de timp în oraşul Iaşi, au funcţionat două închisori: cea militară şi cea de drept comun. Cele două instituţii au avut, în funcţie de vicisitudinile vremii şi a momentelor istorice, amplasamente diferite.
          În anul 1906, sistemul penitenciar românesc se afla în subordinea Ministerului de Interne, sub denumirea "Direcţiunea Generală a Serviciului închisorii", în a cărei subordonare la laşi exista "închisoarea Centrală laşi".
          La 01.09.1923, printr-o decizie ministerială, închisoarea din Păcurari s-a mutat în clădirea Mănăstirii Galata, iar clădirile din Păcurari au fost predate pentru a fi transformate în cămin studenţesc.
          Mănăstirea Galata, situată în partea de vest a Tasului, în comuna şi târguşorul cu acelaşi nume, are aspectul unei fortăreţe, înconjurată de ziduri înalte de doi metri şi prevăzute cu creneluri.
în interiorul zidurilor, mai există şi astăzi un palat, prefăcut în timpurile din urmă. El servise pe vremuri drept locuinţă călugărilor mănăstirii, unor mitropoliţi şi înalţi prelaţi şi chiar domnitorilor Moldovei.
          La 1926, închisoarea funcţiona în Mănăstirea Galata, unde existau mai multe ateliere: cizmărie, fierărie, lingurărie, tâmplărie, olărie, fără a exista utilaje.
          La 10 iunie 1926, se menţionează că dacă închisoarea nu se va muta în centrul oraşului, comenzile pentru atelierele ce funcţionau în interior vor fi mici. Deasemeni, se impunea ca necesitate, construirea unui cuptor pentru atelierul de olărit. Totodată, se arată că închisoarea Galata este veche şi la distanţă mare de Iaşi.
          In anul 1930, închisoarea militară a Corpului IV armată s-a mutat din casele egumeneşti ale Mănăstirii Frumoasa pe dealul Copoului, într-o clădire ce aparţinea Corpului IV armată (pe strada Dr.Vicol), pe care a transformat-o din depozit de cereale şi furaje în închisoare militară iar închisoarea Galata a rămas în continuare în aceleaşi clădiri, sub denumirea de Penitenciarul Central Iaşi, până în anul 1950.
          Până Ia 1929, executarea pedepselor se efectua după Regulamentul de la 1874, dealtfel primul regulament de executare a pedepselor din Regatul Unit.
          Din 1950, Penitenciarul Central Iaşi s-a contopit cu închisoarea militară a Corpului IV-armată şi s-a mutat din Mănăstirea Galata în clădirile închisorii militare din Dealul Copoului.
          Clădirile, construcţiile penitenciarului de-a lungul anilor, au suferit transformări determinate şi de nevoile locale de dezvoltare a sectorului industrial a oraşului Iaşi, unde s-a solicitat forţă de muncă cât mai mare!
          In urma Decretului 115 din 08.03.1977 şi a celorlalte decrete cu privire la amnistierea şi graţiertea unor pedepse privative de libertate, efectivele de deţinuţi din Penitenciarul Iaşi, au scăzut la 145 din care 10 erau femei, ajungând la data de 01.07.1977, la un efectiv de 104 deţinuţi.
          Conform Decretului 225 din 16.07.1977, începând cu 31.07.1977, Penitenciarul Iaşi se desfiinţează iar sarcinile acestuia sunt preluate de Penitenciarul Botoşani.
          Prin Ordinul ministrului de interne nr.I/04820 din 01.04.1980 s-au aprobat repunerea în funcţiune a Penitenciarului Iaşi.
          Reânfiinţarea a fost posibilă prin preluarea vechilor clădiri şi a terenului aferent existente pe vechiul amplasament ce au fost luate prin deciziile Prefecturii de la acea dată.
          Intrucât, pavilioanele de deţinere erau construcţii vechi, din chirpici, având planşeul din grinzi de lemn, cu umplutură de pământ, cu crăpături pronunţate la structura de rezistenţă ce nu mai prezenta siguranţa deţinerii persoanelor condamnate, s-a început demolarea şi reconstruirea unităţii, în toamna anului 1980.
          Lucrările de reconstrucţie au fost finalizate în anul 1984, în prezent existând clădiri noi, cu structuri de rezistenţă din beton armat, atât pentru clădirile destinate cazării deţinuţilor cât şi sectorului administrativ de comandă.
          Din vechile clădiri ce au fost preluate, mai există şi astăzii două corpuri, în care sunt amenajate magazii de păstrare a diferitelor bunuri materiale sau alimente, precum şi clădirea în care se află amenajate vestiarele cadrelor, toate acestea fiind construite în anul 1964.
          De la reânfiinţare, Penitenciarul Iaşi a fost confruntat în fiecare an cu problema suprapopulării cu efective de deţinuţi, depăşindu-se cu mult capacitatea legală de deţinere.
          In luna iulie 1993, a fost demolată ultima clădire din sectorul de deţinere, care constituia secţia a V-a şi care, din cauza degradării, nu mai asigura condiţiile impuse de siguranţa deţinerii.
          Pe acest amplasament, s-a construit un nou pavilion de detenţie, cu peste 450 paturi, care a fost dat în folosinţă în luna august 1997.
          In prezent, unitatea este amplasată în partea de N-V a municipiului Iaşi, în cartierul Copou, pe strada Dr.Vicol nr.10 şi se învecinează:
- la N cu grădinile locatarilor de pe strada Frederik lacob;
- la E cu U.M. 0470 a Ministerului de Interne;
- la S cu str. Dr. Vicol;
- la V cu str. Fagului.